Funktionen hos isolatorer är riktad, vilket upptäcktes i experiment med fruktflugor. Gypsy sattes in i det gula stället y av Drosophila melanogaster, vilket resulterade i inaktivering av y-genen i vissa vävnader, men y-genen var fortfarande aktiv i vissa vävnader, eftersom det fanns en isolatorsekvens i ena änden av zigenaren. Gypsy kommer att ha olika effekter på genaktivitet när gypsy infogas på olika platser i y-lokuset. Detta beror på att aktiviteten av y-genen regleras av fyra förstärkare. När isolatorn sätts in precis uppströms om promotorn, blockerar den aktiveringen av gener i vingbladet och kroppens nagelbandsvävnader (från uppströmsförstärkaren). Men blockerade inte uttrycket av y-genen (från den nedströms förstärkaren) i borsten och klorna i munnen.
Eftersom vissa förstärkare är uppströms och några nedströms om promotorn, beror effekten av isolatorn inte på positionen av isolatorn i förhållande till promotorn. Därför är orsaken till isolatoreffektens direktverkan inte riktigt förstådd. Två loci har visat sig påverka isolatorfunktionen på ett transaktiverande sätt. Nukleoproteinet som kodas av S2J(Hw)-genen känner igen isolatorn, och först efter att isolatorn binder till den har den en isolerande effekt. När denna gen muteras går isoleringseffekten förlorad trots införandet av en isolator i y-lokuset, och y uttrycks i alla vävnader. En annan plats är mod(mdg 4). Efter mutation av denna gen är dess effekt precis motsatt av Su(Hw), det vill säga dessa mutanter förstärker isoleringseffekten, vilket gör att isolatorns isoleringseffekt inte längre är riktad och expanderad, det vill säga blockerar effekten av förstärkare på båda uppströms och nedströms sidor.
